《海峡两岸关系析论》是2006年4月16日胡锦涛总书记首次提出“和平发展理应成为两岸关系发展的主题”后，海内外第一部从理论视角出发，并结合现实状况的，比较系统、全面研究两岸关系和平发展的脉络和规律的学术专著。《海峡两岸关系析论》出版后，荣获了福建省社科优秀成果二等奖和全国台湾研究优秀成果奖等奖项。
全书共计三十五万字，主要分为“理论篇”“格局篇”“利益篇”“机制篇”这四篇。第一篇是理论篇。这一篇共分为三章，主要探讨两岸关系研究中的一些基本概念和理论问题。基于大陆和台湾对两岸关系研究已有三十多年的丰硕研究成果的基础之上，作者认为当前有必要从理论的角度对这些研究成果进行总结和归纳。不仅要总结出两岸关系发展中的规律性现象和趋势，而且要促进两岸关系和平发展新局面的形式和维持；也要总结两岸冠旭研究中的经验和不足。第二篇是格局篇。本篇共由四章组成，即第四章到第七章，主要讨论影响两岸关系和平发展的内部和外部格局的因素。作者认为，对格局的判断是祖国大陆分析两岸关系形势发展，制定和实施对台政策的根本依据之一。要把握两岸关系的现状和发展趋势，就必须先了解两岸关系的基本格局以及所处的国内外格局，并分析这些格局如何影响到两岸关系的和平发展。第三篇是利益篇。本篇也由四章组成，即第八章到第十一章。台湾问题处理关系到国家统一和民族大义之外，还涉及到国家或民族的利益问题，所以本篇主要从利益的角度分析两岸关系的和平发展。第四篇是机制篇。本篇同样由四章构成，即第十二章至第十五章，主要探讨两岸关系和平发展的机制化问题。作者认为，两岸建立和深化制度化的协商机制，是两岸关系和平发展的迫切要求，也是两岸关系未来发展的必由之路。两岸关系的和平发展与最终实现完全统一的过程，就是两岸关系不断实现机制化，乃至最终形成两岸都可接受的制度化安排的过程。所以对实现两岸关系和平发展的机制化问题的探讨显得尤为重要。
