自成立以来，我院一直得到中央、省市和厦门大学等各级领导的关怀和支持。胡锦涛、邓颖超、杨尚昆、汪洋、贾庆林、钱其琛、王兆国、张克辉、罗豪才、刘延东等党和国家领导人都曾对研究院的发展给予过高度重视和评价。

2018年6月7日，正在厦门参加第十届海峡论坛的中共中央政治局常委、全国政协主席汪洋莅临我院走访调研，与我院部分师生座谈。汪洋主席充分肯定厦门大学台湾研究院是一个具有广泛影响力的学术机构，底蕴深、成果多、研究力量强。他强调，涉台研究机构要坚持正确的政治方向，注重以问题为导向加强研究，培养更多涉台工作人才，积极开展两岸学术交流，为促进祖国统一大业贡献力量和智慧。

2006年12月24日，正在福建调研的中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林来我院视察，并与我院部分教师代表亲切座谈。贾庆林主席说，大陆有不少对台研究机构，但“比较全面、最具实力的就是厦门大学台湾研究院”，把历史和现实结合起来研究是台湾研究院对台研究的最大优势。他表示，厦门大学台湾研究院过去几年做了大量的工作，今后要继续发挥优势，更好地为政治服务，为大局服务。

2009年春节，贾庆林主席受胡锦涛总书记委托，再次莅临我院，看望我院师生并转达胡锦涛总书记的节日问候，他表示说，厦门大学台湾研究院培养了一大批人才，举办了一系列活动，推出了一大批成果，为推动两岸关系发展做出了积极贡献，为中央对台工作决策发挥了重要的参谋助手作用。

2009年5月24日，中共中央政治局委员、国务委员刘延东一下飞机就来到我院。在听取研究院基本情况的汇报后，刘延东指出，之所以选择台湾研究院作为此行考察的第一站，是因为台湾研究院的工作非常有特色，为党和国家制定对台工作方针政策提供了重要决策参考，作出了很大贡献。当前两岸关系呈现良好的发展态势，台湾研究院要加强对台研究，积极拓宽研究领域，促进两岸交流合作，增进两岸人民相互了解，为最终实现祖国统一大业继续贡献智慧和力量。

中共中央台办、国务院台办历任领导，以及教育部、财政部、共青团中央的领导对我院的工作非常重视，多次莅临指导工作。福建省委省政府、厦门市委市政府、福建省和厦门市台办，以及厦门大学的领导也经常到我院考察工作，关心我院的成长与发展。

2004年4月，中共中央台办和国务院台办在为厦门大学台湾研究院建院发来的贺信中说：厦门大学台湾研究所成立20多年来，“深入开展台湾问题研究，成果斐然。心系祖国统一大业，服务对台工作大局，以求真务实的精神，为深化对台调研工作，发挥了积极的作用，做出了可贵的贡献。”

2008年4月24日，中共中央台办专函厦门大学党委，表彰台湾研究院“坚持以中央对台工作的大政方针和各项政策为指导，以认真负责的态度、科学的方法，深入了解台湾社会实际情况，全面开展对台湾政治、经济、历史、文化、社会及两岸关系问题的研究，形成了一支学术功底扎实，具有较高专业造诣的研究队伍，取得了丰硕的学术成果。保障和对台湾研究院几年来的建言献策工作和较为精准的预测判断给予了高度评价。

2008年9月，时任中台办、国台办主任王毅在视察台湾研究院并与学者代表座谈时，再次肯定台湾研究院在决策咨询方面的贡献，他表示“厦大台研院在对台研究方面有传统、有责任、有优势、有作为、有潜力”。