台湾研究院院徽整体设计风格与厦门大学校徽保持一致,色调为深蓝色。
院徽主体是由大写英文字母“TW”构成的“翻开的书本”,契合本院从事台湾研究、教书育人的内涵。
书页图案为大陆和台湾的轮廓,意为“两岸一家”,中间的圆点即为本院所在地厦门。
“GIfTS”为本院英文名称的缩写;外圈为本院院名的中英文表述。
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